При попытке скомпилировать php 5.3.29 на Debian из сорцев у меня возникла проблема с линковкой stdc++ при компиляции. Решается довольно быстро и легко .. просто добавьте -lstdc++ в EXTRA_LIBS. Данная переменная находится в Makefile И запустите компиляцию еще раз : make и все получится.