Есть множество решений для создание бэкапов файлов. Так как я работаю в хостинг компании, то мне нужно было настроить систему этих самым бэкапов. Мы используем на данный момент Bacula, отличный софт. Все бы хорошо, но место на дисках не резиновое и имеет свойство заканчиваться. Поэтому мной был написан скрипт (все же перл рулит), который делает бэкап файлов клиента и дамп базы данных и все это выкладывает в папку backups и backups/mysql

данные хранятся два дня и потом перезаписываются.. удобно и просто